院系設(shè)置
　　耶拿大學設(shè)有十大學院，各院分系如下：
　　神學院
　　法學院
　　科學院
　　哲學院
　　哲學系
　　歷史系
　　德國文學系
　　德語系
　　對外德語教學系
　　考古系
　　東方語言系
　　英語系
　　斯拉夫語系
　　拉丁語系
　　荷蘭語系
　　音樂系
　　社會科學與社會行為科學學院
　　心理學系
　　體育系
　　政治系
　　社會學系
　　新聞媒體系
　　倫理專業(yè)
　　教育系
　　教育與文化系
　　數(shù)學與通訊學院
　　應(yīng)用數(shù)學系
　　統(tǒng)計學系
　　數(shù)學系
　　信息學系
　　物理天文學院
　　應(yīng)用光學系
　　固體物理系
　　應(yīng)用物理系
　　材料與工藝系
　　理論物理學系統(tǒng)
　　固體理論光學系
　　天體物理系
　　化學-地學系
　　無機化學與分析化學系
　　有機化學與 巨分子化學
　　物理化學系
　　技術(shù)化學系
　　玻璃化學
　　地理學系
　　地球?qū)W系
　　生物藥物學院
　　植物與植物生理學系
　　園藝系 （與耶拿植物園合辦）
　　動物學系
　　Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie mit Phyletischem Museum
　　科學技術(shù)史系
　　微生物系
　　生態(tài)學系
　　生物化學與生物物理系
　　營養(yǎng)學系
　　藥物學系
　　醫(yī)學院
　　解剖學系
　　生物化學系
　　放射學系
　　人體遺傳與人類學系
　　臨床免疫學系
　　臨床化學與診斷系
　　醫(yī)學微生物系
　　醫(yī)療統(tǒng)計系
　　病理生物系
　　病理學系
　　藥物學與毒品學系
　　生理學系
　　臨床藥物學系
　　Phoniatrie und Pädaudiologie
　　醫(yī)藥生理學系
　　理療系
　　法醫(yī)學
　　Transfusionsmedizin
　　獸醫(yī)學系
　　免疫學系