海洋工學(xué)部（東京商船大學(xué)）的前身——私立三菱商船學(xué)校成立于1875年（明治8年）11月、1925年改組為東京高等商船學(xué)校。海洋科學(xué)部（東京水產(chǎn)大學(xué)）的前身——大日本水產(chǎn)會(huì)水產(chǎn)傳習(xí)所設(shè)立于1888年（明治21年）。兩學(xué)部均擁有120年以上的歷史。最初商船學(xué)校定校舍于以成妙丸號(hào)商船之上、水產(chǎn)傳習(xí)所定校舍于越中島、后商船學(xué)校也移設(shè)越中島。
東京高等商船學(xué)校在明治?大正?昭和時(shí)代以難關(guān)校而聞名、被當(dāng)時(shí)考生稱為「陸士?海兵?高等商船」——與陸軍士官學(xué)校?海軍兵學(xué)校并稱三大難關(guān)校、網(wǎng)羅全國(guó)才子。當(dāng)時(shí)的詳細(xì)情況記錄于米洼滿亮所著「大海傳奇」（「海のロマンス」）、其中包含米洼滿亮乘第六代練習(xí)船大成丸周游世界的航海日志。
水產(chǎn)講習(xí)所在當(dāng)時(shí)免學(xué)費(fèi)。日本原內(nèi)閣總理大臣鈴木善幸畢業(yè)于宮古水產(chǎn)學(xué)校（巖手縣）、因曾在學(xué)校辯論大會(huì)上提出漁業(yè)協(xié)同組合論、就職時(shí)被認(rèn)為思想傾向不正不被采用、后就學(xué)于水產(chǎn)講習(xí)所。
東京高等商船學(xué)校?水產(chǎn)講習(xí)所遠(yuǎn)洋漁業(yè)專業(yè)的學(xué)生、在校期間為海軍預(yù)備生、畢業(yè)時(shí)被給予海軍預(yù)備少尉軍銜、定向?yàn)閺氖萝妱?wù)。
1875年 內(nèi)務(wù)卿大久保利通 命 巖崎彌太郎、由政府資助郵便汽船三菱會(huì)社（現(xiàn)日本郵船株式會(huì)社）于東京設(shè)立私立三菱商船學(xué)校
1882年 三菱商船學(xué)校改制官立、改稱東京商船學(xué)校
1884年 第五代練習(xí)船月島丸服役
1897年 燈臺(tái)巡視船明治丸移交海軍省管理、后為系留練習(xí)船
1904年 第六代練習(xí)船大成丸服役
1925年 改稱東京高等商船學(xué)校（修業(yè)年限由4年6個(gè)月改為5年6個(gè)月）
1936年 大成丸由東京港起航 環(huán)繞世界一周（12月）、翌年1937年3月末歸港
1945年 東京?神戶?清水高等商船學(xué)校3校合并、成立高等商船學(xué)校（修業(yè)年限由5年6個(gè)月改為4年6個(gè)月）
1945年 設(shè)置海務(wù)學(xué)院
1949年 于靜岡縣清水市（現(xiàn)靜岡市清水區(qū)）設(shè)商船大學(xué)、包括高等商船學(xué)校及海務(wù)學(xué)院。并設(shè)立商船學(xué)部
1957年 遷至東京、改稱東京商船大學(xué)（當(dāng)時(shí)略稱「商船大」或「東船大」）
1974年 商船專攻科廢止、設(shè)立研究生院商船學(xué)研究科（研究生課程）（航海學(xué)專業(yè)、機(jī)械學(xué)專業(yè)）
1978年 明治丸被認(rèn)定為重要文化財(cái)產(chǎn)
1980年 設(shè)置乘船實(shí)習(xí)科
1990年 商船學(xué)部全學(xué)科改組、設(shè)置商船系統(tǒng)工學(xué)課程、流通情報(bào)工學(xué)課程及交通電子機(jī)械工學(xué)課程
1994年 研究生院商船學(xué)科改組、設(shè)置商船系統(tǒng)工學(xué)專業(yè)、流通情報(bào)工學(xué)專業(yè)及交通電子機(jī)械工學(xué)專業(yè)
1997年 設(shè)置研究生院商船學(xué)研究科博士課程（交通系統(tǒng)工學(xué)專業(yè)、海洋情報(bào)系統(tǒng)工學(xué)專業(yè)）
1888年 大日本水產(chǎn)會(huì)水產(chǎn)傳習(xí)所設(shè)立于東京
1897年 由農(nóng)商務(wù)省改制官立、開設(shè)水產(chǎn)講習(xí)所
1899年 越中島校舍建成
1947年 改稱第一水產(chǎn)講習(xí)所、遷至橫須賀市久里浜、下關(guān)分所成為第二水產(chǎn)講習(xí)所（現(xiàn)農(nóng)林水產(chǎn)省水產(chǎn)大學(xué)校）
1949年 改制東京水產(chǎn)大學(xué)、設(shè)置水產(chǎn)學(xué)部
1953年 設(shè)置水產(chǎn)專攻科
1954年 設(shè)置水產(chǎn)教育學(xué)課程（后改稱水產(chǎn)教員養(yǎng)成課程）
1957年 遷至品川校區(qū)（現(xiàn)港區(qū)港南）
1964年 設(shè)置大學(xué)院水產(chǎn)學(xué)研究科（修士課程）
1987年 水產(chǎn)學(xué)部全學(xué)科改組、分為海洋生產(chǎn)學(xué)科、資源育成學(xué)科、資源管理學(xué)科、食品生產(chǎn)學(xué)科。并設(shè)置研究生院水產(chǎn)學(xué)研究科（博士課程）
1996年 水產(chǎn)學(xué)部全學(xué)科改組、分為海洋環(huán)境學(xué)科、海洋生產(chǎn)學(xué)科、資源育成學(xué)科、資源管理學(xué)科、食品生產(chǎn)學(xué)科
2000年 研究生院水產(chǎn)學(xué)研究科改組、海洋環(huán)境學(xué)專業(yè)、海洋生產(chǎn)學(xué)專業(yè)、資源育成學(xué)專業(yè)、資源管理學(xué)專業(yè)、食品生產(chǎn)學(xué)專業(yè)
2003年 東京商船大學(xué)與東京水產(chǎn)大學(xué)合并為東京海洋大學(xué)
2004年 設(shè)置國(guó)立大學(xué)法人東京海洋大學(xué)
